Hotch se encuentra con vida en un hospital cercano, ensangrentado e inconsciente, pero vivo. Había sido mantenido cautivo por George Foyet y torturado durante varias horas. Foyet lo había apuñalado nueve veces y arrojado fuera de un hospital local con las credenciales de Morgan. Se hizo evidente en "Haunted" que Hotch que estaba obsesionado con la captura de Foyet, una obsesión que tenían sus compañeros de equipo relacionados con su salud mental y la conducta de trabajo.
A partir del episodio de "Cradle to Grave", Hotch había sido objeto de críticas de sus superiores, que ahora que le obliga a justificar todas sus decisiones tácticas. Esto lo ha llevado a ejercer presión sobre sus subordinados, y va creando tensión entre los miembros del equipo. Al final del episodio, Hotch anuncia que deja su puesto de Jefe de la Unidad y le deja su puesto a Derek Morgan para que tome su lugar hasta que él vuelva.
Hotch se enfrenta con Foyet
En "The Eyes Have It", Hotch supervisa el desempeño de Morgan durante su primer caso. Hotch está satisfecho con la capacidad de Derek en el terreno. Rossi realiza un pregunta hipotética de si Morgan estará dispuesto a renunciar si se le pide. Mientras que Derek se traslada a su nueva oficina y cargo, Hotch se ve reflexionando sobre los archivos criminales de George Foyet.
En "Outfoxed", Hotch y Prentiss visitan a Karl Arnold en la cárcel para pedirle su opinión sobre una corriente de casos, después del interrogatorio, Karl revela que ha recibido comunicaciones de George Foyet, y que el asesino tiene la intención de volver a tomar una posición final contra Hotch. Karl revela varias notas con la firma del símbolo de George, El Ojo de la Providencia.
En "100" Hotch junto al BAU concentran todas sus esfuerzos en la captura de Foyet después de obtener un descanso en el caso. Durante una vigilancia en el apartamento de Foyet, el equipo se da cuenta de que Foyet ya había huido y está detrás de Sam Kassmeyer, el mariscal estadounidense que protege a Haley y a Jack. El BAU va a la casa de Kassmeyer y lo encuentra herido críticamente. Kassmeyer revela que Foyet lo emboscó y exigió conocer la ubicación de la familia de Hotch. Aunque Kassmeyer se negó a hablar, Foyet vio su teléfono celular, que contenía el número de Haley. Finalmente contacta con ella y, Foyet pudo convencer a Haley de que era otro Mariscal de los Estados Unidos y que debía encontrarse con él en un lugar desconocido. Kassmeyer le pide disculpas a Hotch por haberle fallado antes de morir debido a sus heridas. Garcia logra entrar en el teléfono celular de Kassmeyer, y Foyet responde a la llamada de Hotch; él revela que está mirando a Haley y a Jack, luego cuelga.
El BAU se da cuenta de que Foyet, Haley y Jack están en la residencia original de Hotch. Entonces, Haley llama al móvil de Hotch y rápidamente se da cuenta de que Foyet la engañó. Hotch intenta calmarla, pero Foyet continúa sus burlas y recuerda a Hotch que si él había tomado su trato, nada de esto estaría sucediendo. Como Hotch se disculpa por todo, Foyet mata a Haley, pero no antes de que Jack sea indicado por Hotch de que "trabaje el caso con él", lo que le hace salir de la habitación. Este es un juego de los dos de ellos juegan donde Jack se esconde en la oficina de Hotch. Hotch se detiene en la casa e ingresa al interior con una pistola cargada. Sigue las manchas de sangre arriba y descubre el cadáver de Haley.
Prentiss y Rossi ven como Morgan para a Hotch de que siga golpeando a Foyet
Hotch entonces nota una forma detrás de una cortina y tira en ella repetidamente. Foyet cae hacia adelante, aparentemente muerto, pero Hotch se da cuenta de que está usando un chaleco antibalas. Los dos se comprometen en una pelea de puño, que finalmente termina cuando Hotch golpea a Foyet a la muerte hasta que el resto de su equipo llega y lo detienen. Hotch entonces corre hacia su oficina, donde encuentra a Jack escondido. Después del evento, Strauss entrevista a todo el equipo para ver si las acciones de Hotch estaban justificadas. Cuando Strauss le pregunta por qué mató a Foyet, Hotch responde: "Sé que él también habría intentado matar a mi hijo". Strauss entonces decide que este razonamiento era bastante bueno.
Él le había dicho (espiritualmente) a Haley que regresaría a la BAU, y cuando Rossi le pregunta si él "le dijo aún", Hotch respondió: "No tengo que hacerlo, ella ya lo sabe", refiriéndose al hecho de que Haley siempre había sabido en el fondo que no iba a detenerse con su trabajo. Hotch dice que él ha sabido todo el tiempo que nunca se dará por vencido y su lugar es "luchar contra los malos". En "Retaliation", regresó al servicio y su antigua cuñada, Jessica Brooks, cuidará a Jack mientras él este trabajando.